Die Fakultät unterstützt Habilitationsvorhaben in einem unkomplizierten Verfahren. Das Habil-Projekt wird in Absprache zwischen dem/der betreuenden Professor/in und der Habilitandin/dem Habilitanden verhandelt. Eine offizielle Anmeldung oder Immatrikulation ist zu Beginn des Habil-Vorhabens nicht erforderlich. Erst nach Abgabe der Habilitationsschrift erfolgt die Eröffnung des Verfahrens in der Prüfungskommission der Fakultät.

Darüber hinaus freut sich die Theologische Fakultät Basel über erfolgreiche Berufungen von ehemaligen Habilitandinnen und Habilitanden.