Die Theologische Fakultät ist in vielfältige Forschungsnetzwerke eingebunden. Viele Projekte verfolgen Fragestellungen im Bereich der Interaktion von Religionen – sei es untereinander, sei es zwischen Religion und Gesellschaft. Die meisten Projekte sind interdisziplinär vernetzt, viele setzen auch eine internationale Zusammenarbeit voraus.

Seit 2017 ist die Fakultät prominent vertreten im trinationalen Forschungsverbund INTER-RELIGIO 'Geteilte Überzeugungen', das sich interreligiösen Herausforderungen in unseren Gegenwartsgesellschaften stellt.

Hinsichtlich Missionsgeschichte und World Christianity stellt das renommierte Archiv der Basler Mission (Mission 21) wichtige Forschungsressourcen bereit. Die Basler Afrika Bibliographien stehen beispielhaft für die an der Basler Universität besonders gepflegte Querschnittsperspektive der African und Global Studies.

Mit dem Karl Barth-Zentrum für reformierte Theologie, das 2015 eröffnet werden konnte, befindet sich in Basel neben dem 'Center for Barth Studies' der Universität Princeton eines der weltweit zwei Zentren, die sich mit dem bedeutenden Basler Theologen Karl Barth und dessen umfangreichen Werk befassen. Als Hauptstandort fungiert neben der Fakultät das Karl Barth-Archiv.

Weiterhin ist die Theologische Fakultät Teil des Zentrums für Religion, Wirtschaft und Politik, das verschiedene schweizerische Universitäten in der religionsbezogenen Forschung vernetzt, und des interdisziplinären Forschungsnetzwerks Sustainable Future.