Alle Doktorierenden der Theologischen Fakultät sind Teil der Graduate School of Theology. Sie bildet das Dach, unter dem die Doktoratsausbildung stattfindet. 

Die Doktoratsausbildung umfasst die Dissertation, die zu erwerbenden Kreditpunkte (18 ECTS) aus dem Bildungsangebot und das Doktoratsexamen. Sie dauert in der Regel 3-4 Jahre.

Die Fakultät verleiht für eine bestandene Doktoratsausbildung den Grad «Doktorin bzw. Doktor
der Theologie» (Dr. theol.) oder den Grad «Doktorin bzw. Doktor der Philosophie» in Theologie (Dr. phil. bzw. PhD). Welcher Grad vergeben wird, richtet sich nach der Zulassung.